Die Nagelkapelle befindet sich im Anschluss an das südliche Querhausschiff. Sie ist heute ein Ort der Stille und als Raum nur für Betende gedacht.
Sie ist ein langgestreckter zweischiffiger Kirchenraum, der nach seiner Erbauung zuerst als Kapitelssaal (Beratungs- und Versammlungsraum), dann als Sepultur (Begräbbnisplatz) des Domkapitels verwendet wurde. Mit der Aufhebung des Domkapitels 1803 verlor der Raum seine eigentliche Funktion als Begräbnsplatz.
Im Jahre 1445 wurde die Kapelle auf die heutige Größe erweitert. Seit 1762 bekam die Sepultur eine neue Funktion hinzu. Sie wurde der Aufbewahrungsort des hochverehrten hl. Nagels.
Der heilige Nagel
In der Nagelkapelle wird ein heiliger Nagel vom Kreuz Jesu gezeigt. Dies war im Mittelalter eine äußerst wertvolle Reliquie. Seit dieser Zeit ist der Name Nagelkapelle üblich, denn der Nagel wurde im 18. Jahrhundert sehr starkt verehrt.
Der Heilige Nagel gehört zu den so genannten Christus-Reliquien, Gegenstände, die mit Leib und Blut Christi in Berührung gekommen sind. Der elf Zentimeter lange heilige Nagel, dessen Kopf und Spitze abgebrochen sind, wird bereits im Jahr 1390 in einer Rechnung erwähnt und ist seit dieser Zeit im Bamberger Domschatz nachweisbar. Er wird in einer Reliquienmonstranz ausgestellt und gehört neben drei großen Partikeln vom Kreuz Christi, zwei Dornen seiner Dornenkrone sowie der Tafel, die Pontius Pilatus über dem Haupt Christi anbringen ließ, zu den Heiltümern, die der Überlieferung nach die Mutter Kaiser Konstantins, die heilige Helena, in Jerusalem aufgefunden hatte. Zu den Wundern, die der heilige Nagel bewirkt haben soll, berichtet ein Mirakelbuch des Domkapitels für das Jahr 1652, dass ein blind geborener Bauernsohn nach der Berührung mit der Nagelreliquie sehend geworden sei.