Zu weit größeren Veränderungen kam es unter König Ludwig I. von Bayern. Die von ihm 1826 in Auftrag gegebene Purifizierung des Bamberger Doms führte zur Zerstörung der barocken Ausstattung.
Das heutige Erscheinungsbild im Inneren geht im Wesentlichen auf diese Restaurierung zurück. Reinheit und Steinsichtigkeit galten damals als Schönheitsideal. Der als Nationaldenkmal angesehene Dom sollte in das vermeintliche mittelalterliche Erscheinungsbild zurückgeführt werden, das den damaligen Vorstellungen einer mittelalterlichen Kirche entsprach, verbunden mit dem Ziel ein patriotisches Bewußtsein zu fördern.
Die Arbeiten begannen 1829 und zogen sich bis 1837 hin. Die Innenwände des Doms wurden weitgehend abgewaschen, ebenso die Gewölbe, Kapitelle und Figuren. Die barocken Hochaltäre wurden abgebrochen und auf Auktionen zusammen mit anderen Altären, Figuren und Gemälden verkauft. Der Bamberger Erzbischof von Fraunberg sah sich durch die weitumgreifenden Maßnahmen des Königs veranlasst, eine Sachverständigenkommission zu berufen, welche ein Restaurierungskonzept ausarbeiten sollte. Die radikale Purifizierung konnte sie jedoch nicht verhindern. Die Öffentlichkeit stand dem Ergebnis sehr zurückhaltend gegenüber.