Beginn der ersten Barockisierungsphase auf Veranlassung von Bischof Johann Gottfried von Aschhausen. Die wichtigste Entscheidung für die Raumentwicklung war das Entfernen der mittelalterlichen farbigen Fenster. Ab 1626 wurde der noch weitgehend mittelalterlich ausgemalte Dom in mehreren Schritten komplett ausgeweißelt und im Kontrast dazu die Pfeiler, Dienste und Gurtbögen dunkelfarbig abgesetzt.
Die zweite Barockisierung unter dem Fürstbischof Melchior Otto Voit von Salzburg betraf die Treppenanlage vor dem Ost- und Westchor sowie die Versetzung des Kaisergrabes. Das neue Gestaltungskonzept, welches von 1648 bis 1653 ausgeführt wurde, beseitigte endgültig die Ausstattung des Mittelalters.
Der gesamte Innenraum wurde auf eine mittlere Sichtachse ausgerichtet, die Lettner vor dem Ost- und Westchor abgebrochen und neue Hochaltäre errichtet.