1185 wurden der Dom und die benachbarten Gebäude durch eine verheerende Feuersbrunst fast vollständig zerstört. Trotz aller Verwüstungen denkt man zunächst nicht an einem Abriss der übriggebliebenen Trümmer, sondern richtet den Dom zur Feier der Liturgie notdürftig her. Wann das Domkapitel und der Bischof den Entschluss fassten, ein neues Kirchengebäude zu errichten, ist nicht genau überliefert. Doch nimmt man an, dass schon ab 1190 die ersten Bauarbeiten unter Bischof Timo und Bischof Otto II. begannen.
Von der Architekturgestalt orientierte man sich an den Heinrichsdom: dreischiffig, flache Decke, westliches Querhaus, zwei Chöre. Aber er sollte doch um einiges größer werden als der vorherige Dom. Begonnen wurde er mit dem Ostchor, dem Georgschor, der noch in der romanischen Formensprache verwurzelt ist. Im Laufe der Jahre kamen verstärkt die gotische Bauelemente im Westteil mit dem Peterschor zu tragen. Nun kam auch der Gedanke auf, statt zwei Türme vier zu errichten. Auch im Inneren des Domes wird eine Entwicklung in den Bauformen und der Bauzier von der Romanik zur Gotik sichtbar und ist besonders deutlich in den Skulpturen zu sehen. Durch die durchgeführten Planungsänderungen wurde letztlich aus einer flachgedeckten Basilika ein gotisches Kirchengebäude. Unter Bischof Ekbert von Andechs-Meranien, der als großer Förderer des Dombaus gilt, wird der Dom am 6. Mai 1237 feierlich eingeweiht.
An der Raumschale und der Anlage des Domes hat es seit dem nur geringfügige Änderungen gegeben, wie beispielsweise die Erhöhung der Osttürme oder die Gestaltung der westlichen Turmhelme.
Der Dom als Bischofs-, Wallfahrts- und Pfarrkirche
Durch die Gräber von Heinrich und Kunigunde entwickelte sich der Dom im Mittelalter zu einem Wallfahrtszentrum. Im Spätmittelalter stand Bamberg mit Trier oder Aachen auf einer Stufe als großer deutscher Wallfahrtsort. Höhepunkt der Reliquienverehrung war die alle sieben Jahre statt findende Große Heiltumsweisung, zu der auch die Reliquien anderer Bamberger Kirchen in den Dom gebracht wurden und auf dem Domplatz der versammelten Menge gezeigt wurden. Durch die Reformation ließ auch im katholischen Bamberg das Interesse an den Reliquien nach, doch mit der Gegenreformation lebte die Reliquienverehrung wieder auf.
Bis zum Jahr 1805 gab es im Dom zwei von Domvikaren versehene Pfarreien, nämlich die Chorpfarrei für die Geistlichen des Domstifts und die Sankt-Veits-Pfarrei für die weltlichen Bewohner der Domburg. Zeichen für den Dom als Pfarrkirche sind die Taufstelle in der Krypta und die Beichtstühle. In der Barockzeit gab es keine Beichtstühle im Dom, weil der Dom keine Kirche für die Volksseelsorge war.
Der Dom ist ein überliefertes Kulturdenkmal, das in der Gegenwart noch entsprechend seiner ursprünglichen Funktion als Gotteshaus genutzt wird. Seine Architektur un die darin befindlichen Kunstwerke dienen nach wie vor diesem Sinnzusammenhang. So ist der Besuch dieser Kirche ein vielfältiger Weg, Geschichte, Religion und Kunst direkt vor Ort zu erfahren. Der Dom ist Zeuge seiner langen Geschichte und ist gleichermaßen Ausdruck der Frömmigkeit und des Glaubens: Er ist ein allumfassender Zeuge der Vergangenheit.
