Wahrscheinlich unter Bischof Timo I. (1196-1201) begann der Abbruch und Neubau des Domes. Während der Regierung von Bischof Eckbert von Andechs-Meranien erfolgte schließlich am 6. Mai 1237 die Weihe des heutigen Doms.
Seit dem Bauabaschluss ist an der Raumschale nichts Wesentliches mehr verändert worden. Die Kathedrale blieb lebendiger Erinnerungsort an den 1147 heilig gesprochenen Stifter, Kaiser Heinrich II. und erfüllte überdies dieselben liturgischen Funktionen. Aus diesen Gründen wurde durch das Domkapitel der Naubau im Wesentlichen als eine "Nachbildung" des Heinrichsdoms entschieden. Doch wurde die flache Holzdecke zugunsten eines steinernen Gewölbes nicht mehr eingezogen und auch der Stilwandel im Spannungsfeld zwischen Romanik und Gotik vollzog sich in den westlichen Bauabschnitten als ein augenfälliges neues Merkmal.